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¿Por qué la RNAseq lee el mapa solo en una determinada región de un genoma viral?

¿Por qué la RNAseq lee el mapa solo en una determinada región de un genoma viral?


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Estoy mirando los datos de RNAseq y mapeándolos con 3 segmentos de ARN del virus del mosaico del pepino.

Recorté los adaptadores de los archivos fastq y los convertí a fasta, que busqué en una base de datos de virus usando BLASTN.

Los resultados fueron confusos:

Las lecturas se alinean con un segmento de ARN (segmento de ARN 1) de este virus, pero no con los otros segmentos. Miré en mi archivo de resultados BLAST el qseqid de este segmento de ARN de este virus y lo comparé con los identificadores en mi archivo fasta.

Copié esta secuencia e hice un NCBI BLAST que me dio el mismo resultado. Estos 3 segmentos están juntos en la cápside, por lo que deberían estar juntos. Estoy seguro de que están en este archivo NGS.

¿Qué parámetros debo cambiar?


Ver el vídeo: Single Cell RNA Seq Data Analysis - Visualizing Data with Figures (Mayo 2022).


Comentarios:

  1. Salamon

    En general, francamente hablando, los comentarios aquí son mucho más entretenidos que los mensajes en sí. (Sin ofender al autor, por supuesto :))

  2. Malashakar

    Buena idea

  3. Vum

    buen tema

  4. Kamal

    En mi opinión, esto es obvio. Have you tried searching google.com?

  5. Mubei

    Es una frase notable, bastante útil.

  6. Grojas

    Verdadera idea



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