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Estoy mirando los datos de RNAseq y mapeándolos con 3 segmentos de ARN del virus del mosaico del pepino.
Recorté los adaptadores de los archivos fastq y los convertí a fasta, que busqué en una base de datos de virus usando BLASTN.
Los resultados fueron confusos:
Las lecturas se alinean con un segmento de ARN (segmento de ARN 1) de este virus, pero no con los otros segmentos. Miré en mi archivo de resultados BLAST el qseqid de este segmento de ARN de este virus y lo comparé con los identificadores en mi archivo fasta.
Copié esta secuencia e hice un NCBI BLAST que me dio el mismo resultado. Estos 3 segmentos están juntos en la cápside, por lo que deberían estar juntos. Estoy seguro de que están en este archivo NGS.
¿Qué parámetros debo cambiar?
En general, francamente hablando, los comentarios aquí son mucho más entretenidos que los mensajes en sí. (Sin ofender al autor, por supuesto :))
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