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Fusionar datos NCBI y Ensembl

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Disculpas si esta es una pregunta realmente ingenua, pero no puedo averiguar cómo hacerlo fácilmente. Aquí hay una publicación relacionada sobre el mejor método para encontrar genes ortólogos de una especie.


Digamos que tengo una alineación de proteínas descargada de Ensembl (procedente, por ejemplo, de este árbol de Ensembl).

Este gen está presente en algunas otras "especies de NCBI" que me gustaría incluir en mi árbol (por ejemplo, Stegastes partitus, con genoma disponible y presente en la base de datos NCBI pero NO en la base de datos Ensembl). De hecho, si yo a mano blastp Un sorbo secuencia de proteínas de D. rerio (extraído de mi alineación de proteínas Ensembl multifasta) en nr base de datos analizada para S. partitus, Encuentro esta secuencia, correspondiente al primer impacto de la explosión. ¡Perfecto! Y yo puedo a mano anexarlo a mi árbol de proteínas inicial.

Donde empieza el problema es que no tengo uno gen y uno Especies NCBI pero muchos de ellos (digamospaggenes ynorteEspecies NCBI). Ya tengo un archivo multifasta de proteínas Ensembl para cada uno de mispaggenes.

Mi pregunta es: ¿existe una manera fácil de agregar a cada uno de mispagmultifasta archiva la (s) secuencia (s) de proteínas homólogas correspondientes para elnorte¿"Especies NCBI"?

¡Gracias por tu información!


Ver el vídeo: 1. Búsqueda de secuencias genéticas en NCBI (Agosto 2022).